Фамилия Якшигулов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа сохранилась почти без изменений, а русский патронимический суффикс -ов лишь оформил её как фамилию. Разберём её по частям.

Корень «якши» восходит к тюркскому (скорее всего, татарскому или башкирскому) слову «яҡшы» — «хороший, добрый, отличный». Это не имя в строгом смысле, а качественная характеристика, которая могла стать прозвищем. Второй компонент — «гул» — это арабское слово «гол» (цветок, роза), прочно вошедшее в тюркские языки через исламскую культуру. В составе личных имён оно встречается часто: Гульнара, Гульшат, Гульмира. Здесь же «гул» выступает второй частью сложного имени.

Итак, «Якшигул» означает «хороший (прекрасный) цветок» или «добрый, как цветок». Это типичное для тюркской традиции составное имя-пожелание: родители желали ребёнку благой судьбы, красоты и доброты. Суффикс -ов в конце — чисто русское добавление, которое в XVI–XVII веках получали фамилии нерусского происхождения при переходе в православие или при записи в податные сословия. Таким образом, носитель фамилии — потомок человека по имени Якшигул.

Географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Зауралью: Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается и в Татарстане, но реже. Это указывает на башкирские или татарские корни предков. Сословно предки Якшигуловых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами (платили подать пушниной или деньгами), реже — служилыми татарами, которые несли сторожевую службу на границах Российского государства.

Примечательно, что фамилия сохранила исходную тюркскую огласовку «Якши-», а не русифицированный вариант вроде «Якшеев» или «Якшин». Это говорит о том, что она оформилась относительно поздно, уже после того, как тюркские народы Поволжья и Приуралья начали массово получать фамилии в XVIII–XIX веках, и запись делали близко к произношению.