Фамилия Якшиев — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято не славянское слово и не крестильное имя, а тюркское прилагательное. Разбирать её стоит не с корня, а с того, как она попала в русскую фамильную систему.

Суффикс -ев указывает на модель образования от основы на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — «Якши», что восходит к тюркскому «якшы» (хороший, добрый, отличный). В татарском, башкирском, карачаево-балкарском и других языках это слово — распространённая часть личных имён и прозвищ. Человек мог получить прозвище Якши за добрый нрав, мастерство или просто как ласкательное обращение. Позже это прозвище закрепилось за его потомками в виде фамилии Якшиев.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Чувашия, а также северный Кавказ (особенно Карачаево-Черкесия и Кабардино-Балкария). Встречается она и у русских, чьи предки жили по соседству с тюрками и переняли прозвище. В документах фамилия фиксируется с XIX века, но как прозвище могла существовать намного раньше.

Словообразовательная модель проста: тюркское прилагательное → русский суффикс принадлежности. Аналогов много: Уразаев (от «ураза» — пост), Батырев (от «батыр» — богатырь), Назаров (от арабского имени через тюркское посредство). Но Якшиев стоит особняком — это чисто оценочное прозвище, без отсылки к профессии или внешности. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные тюркские основы разбираются как свидетельство тесного бытового контакта народов.

Редкость фамилии объясняется тем, что «якшы» в качестве личного имени встречалось нечасто — обычно оно входило в состав сложных имён (Якшибай, Якшигул). Отдельное прозвище Якши давали либо очень заметному человеку, либо в семьях, где говорили по-тюркски. Поэтому носителей фамилии немного, и каждый случай — это, скорее всего, прямая линия от конкретного предка с таким прозвищем.