Фамилия Якшеев образована по редкой для русского языка модели с суффиксом -еев. В русской антропонимии суффикс -ев обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа Якш- (от имени или прозвища Якша) дала форму Якшеев — с беглым гласным и чередованием ш/к.

Главная загадка фамилии — в основе. Имя или прозвище Якша (Якшай) могло иметь несколько источников. Самая вероятная версия: это производная форма от крестильного имени Иаков (в бытовом русском произношении — Яков). В северных и вологодских говорах уменьшительное «Якша» от Якова — явление обычное. Сравните: Якуш, Яшко, Якша. Суффикс -ша характерен для народных кратких форм (Гриша, Федяша, Якша). Таким образом, Якшеев буквально — «сын Якши».

Менее распространённая версия связывает основу с тюркскими языками, где «якши» означает «хороший». В этом случае прозвище Якша могли дать человеку с положительной характеристикой, а фамилия приобрела бы восточный колорит. Однако русский суффикс -еев при тюркской основе — сочетание нехарактерное: обычно тюркские прозвища на -а в русской среде давали фамилии на -ин (Якшин). Поэтому версия с именем Иаков/Яков выглядит надёжнее.

Фамилия Якшеев — редкая. Основной ареал её бытования — центральные и северные регионы России, возможно, Поволжье. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её позднем письменном оформлении или малой численности рода. Сословно предки Якшеевых могли быть крестьянами или мещанами — типичными носителями «уличных» фамилий, образованных от домашних имён.