Фамилия Якшеева — женская форма фамилии Якшеев. В её основе лежит тюркское мужское личное имя Якшей (или Якши), что в переводе с татарского и ряда других тюркских языков означает «хороший», «добрый», «славный». В прошлом имя Якши было довольно распространено среди народов Поволжья и Приуралья, и давали его с пожеланием, чтобы ребёнок вырос удачливым и добрым человеком.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Якшей- (в русской записи часто переходившей в Якше-) добавился русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Якшея). Форма Якшеева, соответственно, означает «дочь или жена Якшеева». Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Якше́ева, хотя встречаются варианты с ударением на первый слог, что характерно для регионов с сильным влиянием тюркского произношения.

Географически фамилия Якшеев/Якшеева тяготеет к зоне русско-татарского пограничья. Наибольшее число её носителей зафиксировано в Татарстане, Башкортостане, а также в Удмуртии и Кировской области. Это типичная фамилия-маркер: если предки носили её, то с высокой вероятностью они были крещёными татарами или представителями других тюркских народов (чувашей, башкир), принявшими православие. Фамилия не была дворянской или купеческой — она принадлежала преимущественно государственным крестьянам и ясачным людям, то есть тем, кто платил налог пушниной или деньгами.

Интересная деталь: в старых документах (например, в переписных книгах XVIII века) фамилия могла писаться через «и» — Якшиев или Якшиевъ. Переход «и» в «е» в корне — обычное дело для русской адаптации тюркских имён: так слово «якши» (хороший) в русском произношении часто превращалось в «якшей». Поэтому однокоренные фамилии вроде Якшин, Якшибаев или Якшигулов — это не разные корни, а варианты одного и того же имени в разных фамильных моделях.