Фамилия Якшенкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Якшенков. Она образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Якшенков буквально значит «сын Якшена» или «потомок Якшена». Суффикс -к- в основе не случаен: он характерен для прозвищ и некалендарных имён, которые в старину часто укорачивали или «уменьшали» для простоты обихода.

Главная загадка — что скрывается за корнем «Якш-». Самая очевидная версия отсылает к тюркским языкам, где слово «якши» означает «хороший», «добрый», «славный». В русских говорах и документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Якша, Якшенька, которые давали человеку с положительными качествами или просто в качестве ласкового обращения. Учитывая активные контакты русского населения с тюркскими народами на юге и востоке, эта версия выглядит наиболее правдоподобной.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с гидронимом — названием реки Якша или Якшанка. Такие топонимы встречаются в бассейне Волги, особенно в Костромской и Нижегородской областях. В этом случае прозвище Якша мог получить человек, живший на берегу такой реки или переселившийся оттуда. Однако река Якша — объект локальный, и массового распространения эта версия не имеет.

С географической точки зрения фамилия Якшенков — довольно редкая. Основные очаги её бытования — центральные и северные регионы России: Костромская, Вологодская, Кировская области. Это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде крестьянского или посадского населения, а не в дворянской среде, где чаще использовались фамилии на -ский.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на первый слог — Я́кшенкова. Это тоже косвенно подтверждает тюркское происхождение корня, где ударение в слове «якши» также приходится на первый слог.