Фамилия Якшев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или финно-угорская, но при этом оформлена она по классической русской модели с суффиксом -ев. Это сразу подсказывает, что предок носителя фамилии был крещёным человеком, жившим в зоне активных контактов русских с другими народами.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского имени Якшi (Якши). В языках тюркской группы «якши» означает «хороший», «добрый», «славный». Это было распространённое личное имя-пожелание: назвать ребёнка Якши — значит пожелать ему благополучной и удачной судьбы. В русской среде такое имя могли дать при крещении выходцам из татар, башкир или чувашей, либо оно бытовало как прозвище для человека, заслужившего репутацию «доброго молодца». От имени Якша (разговорная форма от Якши) закономерно образовалось притяжательное прилагательное «Якшев сын», то есть «сын Якши».

Менее распространённая, но тоже имеющая право на существование гипотеза — связь с марийским или удмуртским словом «якше» (холодный, студёный). В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком с холодным нравом, либо указывать на место жительства у холодного родника. Однако, учитывая широкую распространённость имени Якши в тюркских ономастиконах, первая версия выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками шло смешение славянского, тюркского и финно-угорского населения. Встретить Якшевых можно в Татарстане, Башкортостане, Кировской и Нижегородской областях. Сословно предки, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, а также служилыми людьми «по прибору», нередко верставшимися из тех же татар и марийцев.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Якшин, Якшов, Якшевский. Форма с суффиксом -ев указывает на то, что основа имени оканчивалась на мягкий согласный или -а/-я, что и дало в родительном падеже «Якшев» (чей? — Якшев). Это типичная притяжательная модель, господствовавшая при формировании русских фамилий в XVI-XVII веках.