Якша — одна из форм имени Яков (Иаков). Имя же Иаков переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Его носил известный библейский герой, младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит тюркское слово «якши» - «хороший». Одно из первых упоминаний фамилии относится к середине XVII века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упоминается Якшин Петр, 1640 г., Белоозеро. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якша, со временем получил фамилию Якшин.