Фамилия Якшов — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первого взгляда. Её основа, «Якш-», неочевидна и не лежит на поверхности, что делает разбор особенно интересным. Скорее всего, перед нами отчество, образованное от краткой формы редкого крестильного имени. В основе лежит имя Иаков (церковнославянская форма библейского Иакова, в русском обиходе — Яков). В народной речи это имя давало множество производных форм: Якуш, Якша, Якш. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Якшов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Якш.

Однако есть и вторая, более прозаичная, но не менее правдоподобная версия. В диалектах русского языка, особенно северных и вологодских, слово «якша» означало «ябеда», «доносчик», «сплетник». Глагол «якшаться» (водиться, знаться) в некоторых говорах имел негативный оттенок — «путаться с кем-то нехорошим». Прозвище Якша могли дать человеку сварливому, склонному к ссорам или, наоборот, тому, кто любил быть в курсе чужих дел. От такого прозвища и пошла фамилия Якшов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку европейской части России. Встречается она и у марийцев, и у чувашей, где слово «якш» может иметь свои корни, но для русских носителей наиболее вероятно именно русское происхождение от имени или диалектного слова. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, осталась сравнительно редкой — это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из разных концов страны.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов, типичный для русских фамилий, присоединён к основе на шипящий. Сравните с однокоренными: Якушев (от Якуш), Яковлев (от полной формы). Якшов стоит в том же ряду, но с более редкой, усечённой основой. Вероятнее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ов из имён и прозвищ в этой среде были нормой.