Фамилия Якшуков — редкий случай, когда корень почти наверняка не славянский, а финно-угорский, и это сразу выделяет её среди множества «овских» фамилий. Вопреки ожиданию, искать здесь имя Яков или Яшка не стоит: форма «Якшук» не является типичным уменьшительным от Якова (там были бы Яковлев, Яковенко, Яшук). Основа «якш» в северных и приуральских говорах коми и удмуртов означала «якша» — приятель, товарищ, а в некоторых диалектах и «свояк» (муж сестры жены). Таким образом, Якшук — это прозвище «дружок», «компаньон», которое закрепилось за человеком общительным или, возможно, за тем, кто породнился через брак.

Модель образования проста и прозрачна: сначала к основе «якш» добавили уменьшительно-ласкательный суффикс «-ук» (характерный для северных и вологодских говоров, а также для западнорусских земель), получив прозвище Якшук. Затем, при оформлении фамилии, по стандартной русской патронимической схеме добавили суффикс принадлежности «-ов». Фамилия Якшуков буквально означает «сын Якшука», то есть потомок человека, которого за приятельство или свойство прозвали Якшуком.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России: её следы встречаются в Кировской области, в Пермском крае, а также в Удмуртии. Это объяснимо: именно там проходила зона активного контакта русского и финно-угорского населения, где коми-пермяцкое или удмуртское слово легко становилось русским прозвищем. В отличие от массовых фамилий на «-ов», образованных от крестильных имён, Якшуковы, скорее всего, происходят из среды черносошных (государственных) крестьян или посадских людей, где прозвища бытовали дольше и устойчивее, чем в дворянской среде.

Слово «якша» в значении «приятель» дожило до XIX века в архангельских и вятских говорах, а в коми языке «якшны» означает «дружить». Так что носитель фамилии Якшуков, если копнуть вглубь, — потомок «дружка» или «свояка», человека, который умел ладить с людьми и, возможно, был желанным гостем на свадьбах.