Якша — одна из форм имени Яков (Иаков). Имя же Иаков переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Его носил известный библейский герой, младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит тюркское слово «якши» - «хороший». Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Якшинских можно лишь на основании глубоких и серьезных генеалогических исследований.