Фамилия Якшибаев образована от имени Якшибай, которое, вероятно, является вариантом имени Якшимбай. Это имя восходит к татарскому слову «якшәмбе», что значит «воскресенье, воскресный». Следовательно, так могли назвать ребёнка, который родился в воскресенье.