Фамилия Якшибаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Якшибаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Якшибаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Якшибаев образована от имени Якшибай, которое, вероятно, является вариантом имени Якшимбай. Это имя восходит к татарскому слову «якшәмбе», что значит «воскресенье, воскресный». Следовательно, так могли назвать ребёнка, который родился в воскресенье. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Якшибаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Якшибаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.