Фамилия Якубаускас происходит от имени Якуб, которое является одной из форм крестильного мужского имени Яков. Она характерна для мусульманского Востока, а также Польши и Германии. Имя Яков (Иаков) переводится с древнееврейского как «второй по рождению».