Фамилия Якубайтес — редкий пример литовской фамилии, закрепившейся в русском языковом пространстве. В отличие от привычных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, эта фамилия сохранила литовский суффикс -айтис (-aitis), который в мужском роде указывает на происхождение: «сын такого-то». Основа здесь — имя Якубас, литовский вариант христианского имени Яков (Иаков). То есть Якубайтес буквально означает «сын Якубаса».

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Якуба́йтес, что соответствует литовской акцентной норме. В русском языке фамилия не склоняется по падежам, так как оканчивается на согласный и не имеет типичных русских окончаний. Это типичная черта для фамилий литовского происхождения, вошедших в обиход в пограничных регионах современной России, Беларуси и Польши.

Формант -айтис (встречается также в вариантах -айтис, -айчюс) — один из самых распространённых в литовской ономастике. Он образует так называемые патронимические фамилии, которые в XV–XVII веках активно вытесняли прозвища. Носитель такой фамилии мог быть потомком человека по имени Якубас — крестьянина, ремесленника или мелкого служилого человека. Важно, что в Великом княжестве Литовском, куда входили земли современной Литвы, Беларуси и западной России, литовские фамилии нередко получали и славяне, жившие бок о бок с балтами.

Встречается фамилия и в форме Якубайтис — это более точная русская транслитерация литовского Jakubaitis. Разница в написании (е/и) связана с передачей долгого литовского звука через русскую графику. Оба варианта — однокоренные и восходят к одному имени. Среди носителей фамилии Якубайтес практически нет известных исторических фигур за пределами Литвы, что объясняется её узкой региональной привязкой и поздней фиксацией в метрических книгах.

Таким образом, фамилия Якубайтес — это живой след литовской ономастической традиции, застывший в русском языке. Она прямо указывает на отчество предка, носившего имя Якубас, и говорит о его происхождении из западных или северо-западных земель бывшей Речи Посполитой.