Фамилия Якубенкова — женская форма от мужской фамилии Якубенков. В русской традиции такие фамилии образовывались при помощи суффикса -ов и окончания -а, что буквально означало «дочь» или «жена Якубенкова». Сама же основа фамилии — имя Якуб, восточная и южнославянская форма библейского имени Иаков (в русской традиции — Яков). В переводе с древнееврейского оно означает «держащийся за пяту», то есть «следующий по пятам», что в переносном смысле трактовалось как «преодолевающий препятствия».

Фамилия Якубенков, как и её женский вариант, имеет характерную словообразовательную модель с суффиксом -енк-. Этот суффикс в русских фамилиях (особенно в южнорусских и украинских землях) указывал на происхождение от отца или предка: Якубенков — «сын Якуба» или «потомок Якуба». Таким образом, фамилия относится к патронимическому типу, где в основе лежит личное имя, а не прозвище или профессия.

Географически фамилия Якубенкова чаще всего встречается в регионах, где исторически было сильное влияние украинской и белорусской культур, а также там, где имя Якуб (а не Яков) было распространено в крестьянской среде. В центральной России она редка: там предпочитали форму Яковлев. Имя Якуб было особенно популярно среди запорожских казаков и в среде польско-литовского дворянства, что накладывало отпечаток на социальный состав носителей. Однако в большинстве случаев Якубенковы — это потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени отца при переписях XVIII–XIX веков.

Стоит отметить, что написание фамилии через букву «е» в суффиксе (Якубенкова, а не Якубёнкова) — более старое и правильное с точки зрения исторической орфографии. В современных паспортах встречаются оба варианта, но исходная форма с «е» указывает на происхождение от имени, а не на уменьшительно-ласкательный оттенок. Если бы фамилия образовалась от прозвища Якубёнок (с ударным «ё»), она выглядела бы как Якубёнков, но в данном случае суффикс -енк- выполняет чисто родственную функцию.