Фамилия Якубенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Якубенков послужило церковное имя Иаков. Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуб, со временем получил фамилию Якубенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Якубенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якубенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.