Фамилия Якукин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Якукин, то есть сын или потомок Якуки. Основа здесь — уменьшительно-ласкательная форма имени Яков. В крестьянской и мещанской среде на Руси имя Яков часто переделывали в Якуня, Якуша, Якуха, а от них — и в Якука. Такая форма с суффиксом -ук/-юк особенно характерна для северных и центральных говоров, где уменьшительные имена на -ука были в ходу. Таким образом, Якукин — это типичный «отчество-фамилия», закрепившаяся в документах примерно в XVII–XVIII веках, когда крестьян начали массово записывать по отцу или деду.

Интересно, что фамилия Якукин встречается заметно реже, чем, скажем, Яковлев или Якушев. Это говорит о том, что форма Якука не была повсеместной, а бытовала в определённых локальных традициях. По данным современных телефонных справочников и архивных переписей, основная зона распространения фамилии — Вологодская, Архангельская и Кировская области, а также прилегающие районы Урала. Именно там, в старообрядческих и севернорусских говорах, сохранялись архаичные уменьшительные формы имён.

Есть и вторая, менее вероятная, но всё же возможная версия: фамилия могла произойти от прозвища Якука, которое не связано с именем. В архангельских говорах слово «якука» фиксировалось как прозвище для человека неразговорчивого, угрюмого или, напротив, для того, кто якает, то есть слишком часто говорит «я». Однако эта гипотеза остаётся гипотезой — в ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилия Якукин последовательно выводится из имени Яков через уменьшительную форму. Прозвищное объяснение проигрывает по убедительности, поскольку прозвище Якука не зафиксировано в исторических источниках как самостоятельное, в отличие от имённых производных.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Якукин в большинстве своём — потомки государственных или дворцовых крестьян Севера и Приуралья. Дворянских родов с такой фамилией не известно, в родословных книгах она не значится. Это типичная «народная» фамилия, которая не попала в высшие сословия, но зато плотно закрепилась в крестьянской среде, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки — Якукины, искать их стоит в метрических книгах и ревизских сказках северных губерний.