Фамилия Якунечкина — редкий пример того, как женская форма фамилии закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин/-ын обычно принадлежали женщинам, а мужской вариант оканчивался на Якунечкин. Однако в документах и быту зачастую фиксировалась та форма, в которой фамилию чаще употребляли: если в семье были в основном женщины или запись шла по матери, могла устояться именно женская версия. В данном случае фамилия образована от мужского имени Якунечка — уменьшительно-ласкательной формы от Яков (церковное Иаков). Суффикс -ечк- в русских именах придаёт оттенок нежности и родственной близости: так могли называть ребёнка или любимого человека в крестьянской или мещанской среде.

Основа фамилии — каноническое имя Яков, которое в древнееврейском означает «держащийся за пятку» (отсылка к библейскому сюжету, где Иаков родился, держась за пятку брата Исава). В русском языке имя обросло десятками уменьшительных форм: Яша, Яшка, Яковка, Якуня, Якунечка. Фамилия Якунечкина как раз восходит к последней, что указывает на прозвищное или домашнее именование предка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Якунечкин, то есть сын или дочь Якунечки. Такая модель типична для северных и центральных губерний России, где фамилии на -ин широко распространены. По говорам форма могла произноситься как «Якунечкина» с ударением на второй слог, что характерно для рязанско-тамбовского диалектного ареала.

Географически фамилия встречается редко, в основном в Тамбовской, Рязанской и Липецкой областях. В дореволюционных переписях носители чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. Сословная принадлежность невысокая, но устойчивая: предки Якунечкиных не были ни дворянами, ни купцами, а жили земледелием или мелким ремеслом.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Якунин, Яковлев, Якушин) показывает, что Якунечкина стоит в ряду самых «ласковых» производных. Если Яковлев — форма от полного имени (патроним), а Якунин — от более грубого Якуня, то Якунечкин — явный признак того, что родоначальника в семье называли с особой теплотой. В этом — главное отличие фамилии: она сохранила не только имя, но и эмоциональную окраску, с которой его произносили.