Фамилия Якуничкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Якуничкин послужило церковное имя Якуничка. Имя Якуничка является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якуничкин образована не от имени, а от прозвища Якуничка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуничка, со временем получил фамилию Якуничкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Якуничкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якуничкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.