Мужское крестильное имя Иаков переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Основой же при образовании фамилии послужила его просторечная форма — Яшуничка (Иаков < Яков < Яша < Яшуничка). Скорее всего, основатель рода Яшуничкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яшуничка, со временем получил фамилию Яшуничкина.