Мужское крестильное имя Иаков переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Основой же при образовании фамилии послужила его просторечная форма — Яшуня (Иаков < Яков < Яша < Яшуня). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яшуня, со временем получил фамилию Яшунин.