Фамилия Яшуничкин — редкий пример образования сразу от двух уменьшительных форм: от имени и от отчества. В её основе лежит каноническое имя Яков (древнееврейское Иаков, «следующий по пятам»). В русской народной среде имя Яков дало множество производных: Яша, Яшка, Яшун, Яшуня, Яшута, Яшуха. Форма Яшуня — ласковая, обиходная, характерная для северных и центральных говоров. От неё образовали отчество Яшунич, а затем уже от этого отчества — фамилию Яшуничкин. Модель «отчество + -ин» типична для русских фамилий XVI–XVII веков: она указывала на принадлежность к конкретному человеку, в данном случае — «сын Яшуни», то есть Яшуничкин.

Суффикс -ич в основе (Яшунич) — патронимический, но в фамилии он превратился в часть корня, а не в отдельный формант. Это отличает Яшуничкина от более распространённых фамилий на -ов/-ев. Такая конструкция встречается нечасто и говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где отчество на -ич было не только официальным, но и бытовым (в крестьянской и посадской среде XVII века отчества на -ич считались уважительными, но в документах их могли писать и простым людям).

Географически фамилия тяготеет к центральным областям России. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и однодворцев с фамилией Яшуничкин в Тульской, Рязанской и Тамбовской губерниях. Встречается также вариант Яшуничкин с ударением на втором слоге, что характерно для южнорусского акающего произношения.

Прозвищного или ремесленного значения у фамилии нет — это чисто «именная» фамилия, образованная от имени предка. Единственная неоднозначность: теоретически Яшуня могло быть не только от Якова, но и от Ярослава (Яр-слав — «яркий славой»), но это менее вероятно, так как форма Яшуня для Ярослава в народной традиции почти не зафиксирована, а для Якова — обычна.

Таким образом, Яшуничкин — фамилия, которая в сжатом виде хранит цепочку: Яков → Яшуня → Яшунич → Яшуничкин. По ней можно судить, что предок носителя был человеком незнатного происхождения, скорее всего крестьянином или посадским, и что в его семье имя Яков передавалось в ласковой, домашней форме.