Основой фамилии Якуничкин послужило церковное имя Якуничка. Имя Якуничка является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якуничкин образована не от имени, а от прозвища Якуничка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуничка, со временем получил фамилию Якуничкин.