Фамилия Якуницкий — это классический пример фамилии, образованной от имени с помощью суффикса -ский, который в восточнославянской традиции чаще всего указывал на дворянское или шляхетское происхождение, либо на принадлежность к географическому объекту. Однако с Якуницким всё не так прямолинейно: основа здесь не топоним, а личное имя Якун — древнерусская форма канонического имени Иаков (Яков). В древнерусском языке «Якун» было обиходным вариантом, распространённым в Новгородской и Псковской землях. Летописи, например, упоминают новгородского воеводу Якуна (XI век), что подтверждает бытование этой формы.

Суффикс -ицк- в фамилии Якуницкий — редкий и интересный элемент. В отличие от массового -овск- или -инск-, -ицк- обычно указывает на более конкретную локальную привязку: от названия села или местечка, оканчивающегося на -ицы (например, Якуницы). Так что фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а от названия населённого пункта Якуницы или Якуничи, жителей которого прозвали «якуницкими». Такие деревни встречались на территории современных Беларуси и Украины, где фамилии на -ский особенно типичны для мелкой шляхты и крестьян, получивших фамилию по месту жительства.

Словообразовательная модель проста: основа Якун + суффикс -ицк- + окончание -ий. В польском и белорусском языках аналогичные фамилии (Jakunicki) нередки и часто связаны с гербами и родовыми гнёздами. В русском контексте фамилия Якуницкий остаётся сравнительно редкой, что может говорить о её локальном происхождении — возможно, из западных губерний Российской империи, где смешивались польская, белорусская и русская ономастические традиции.

По социальному срезу предки Якуницких могли быть как шляхтичами (особенно если фамилия фиксируется в реестрах Речи Посполитой), так и крестьянами, получившими фамилию при переписях XIX века по названию деревни. Споров вокруг этимологии немного: версия с именем Якун и топонимическая версия не противоречат друг другу, а скорее дополняют — сначала прозвище Якун, затем деревня Якуницы, а от неё — фамилия Якуницкий.