Фамилия Якуницкая — женская форма фамилии Якуницкий, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ская (или -цкая) указывает на типичную модель польско-белорусско-украинского дворянства или шляхты. Такие фамилии чаще всего образовывались от названий имений, местечек или усадеб: владелец земли становился Якуницким, а его жена или дочь — Якуницкой. Поэтому прямой предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был мужчиной с фамилией Якуницкий, а не просто «Якуня».

Основа «Якун» — древнерусское или западнорусское прозвище, которое могло произойти от имени Яков (в просторечии Якун, Якуня) или от слова «якун» в значении «крикун», «горлопан». В старых новгородских и псковских грамотах встречается имя Якун — так звали, например, новгородского посадника XII века. В украинских и белорусских говорах «якун» иногда означало человека с громким голосом или задиру.

Географическая привязка фамилии Якуницкая — западные регионы бывшей Речи Посполитой: современная Беларусь, Украина, восток Польши. Там суффикс -ицкий особенно распространён. Есть село Якуничи в Гродненской области и деревня Якуново в Брестской — могло быть поместье с названием Якуничи или Якуница, от которого и пошла фамилия.

С точки зрения сословной истории, Якуницкие — не крестьянская фамилия. В XIX веке носители фамилии встречаются среди мелкопоместной шляхты Виленской, Минской и Волынской губерний. В метрических книгах они записаны как «дворяне» или «шляхтичи», хотя часто жили небогато, почти как однодворцы.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить, что основа «Якун» — это уменьшительное от Иакинф (греческое имя, в народе — Акинф, Якинф), но это маловероятно: форма Якун для Иакинфа не зафиксирована. Правдоподобнее связь с Яковом или с прозвищем по поведению.

Сегодня фамилия редкая, встречается в основном в Беларуси, на западе Украины и в среде потомков эмигрантов первой волны.