Фамилия Якуняшев — редкий пример, когда основа не очевидна с первого взгляда. В ней слышится что-то южное или тюркское, но на деле это стопроцентно русская фамилия, образованная по стандартной модели от крестильного имени.

В основе лежит имя Якуня — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Яков (древнееврейское Иаков, «идущий по пятам»). В русской народной среде имя Яков давало множество производных: Яша, Яшка, Яня, Якуня. Последняя форма особенно характерна для северных и центральных говоров, где суффикс -ун(я) придавал имени оттенок ласки или фамильярности (сравните: Ваня — Ванюня, Коля — Колюня).

Дальше всё просто: к основе Якуня добавили патронимический суффикс -шев. Это не опечатка и не вариант суффикса -ев. Формант -шев появляется, когда основа имени оканчивается на гласный, а следующий за ним звук упрощается: Якуня → Якунин сын → Якуняшев. Буква «ш» возникла на стыке корня и суффикса в результате чередования (сравните: Кузьма — Кузьмичев, Фома — Фомин, но по другой модели — Якуня — Якуняшев). Таких фамилий немного, и они сразу выдают носителя: предка звали не Яковом, а именно Якуней.

Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается редко, рассеяна по России без явного гнезда. По данным переписей XIX века, единичные Якуняшевы записаны в Вятской и Пермской губерниях — регионах, куда уходили староверы и где хорошо сохранялись архаичные формы имён. Это косвенно подтверждает, что имя Якуня могло бытовать в среде, далёкой от официальной церковной нормы.

Если коротко: Якуняшев — это «чей?» — сын Якуни, то есть Якова. Фамилия звучит необычно, но образована прозрачно: от живого русского имени, которое сегодня почти забыто.