Фамилия Якуняева — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка. Это типичная фамилия русского Севера, а точнее — Архангельской области и прилегающих территорий бывшей Олонецкой губернии. Указание на это — суффикс -ев при основе на «я»: в северных говорах форма родительного падежа от имени Якуня звучала как «Якуняев», а не «Якунин», как повелось бы в центральной России.

В основе фамилии лежит обиходная форма крестильного имени Иаков (церковное Иаков, в быту — Яков). Северная и поморская традиция любила уменьшительно-ласкательные варианты с суффиксом -ун(я): Якуня — так же, как Игнатий превращался в Игнатуню, а Гавриил — в Гавруню. Якуня — это «Яковушка», ласковое прозвище для ребёнка или младшего в семье. Со временем отчество Якуняев (сын Якуни) застыло в фамилии, а женская форма Якуняева закрепилась за потомками по женской линии или как вариант написания в документах.

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию из прозвища Якуня, связанного с диалектным глаголом «якунить» — говорить на «я», то есть окать или якать по-северному. В этом случае прозвище могли дать пришлому человеку, чей говор отличался от местного. Но для северных территорий такое объяснение выглядит натянутым: там сами говорили на «я», и выделять кого-то за это не было смысла.

Фамилия Якуняева — архаичная по форме, нечастотная. Её носители, скорее всего, потомки крестьян или поморов из Прионежья и побережья Белого моря. В дореволюционных метрических книгах она встречается в основном в Архангельской губернии и в Заонежье. Если ваши предки оттуда — вы держите в руках очень точный маркер их происхождения.