Фамилия Якунчева образована от мужского имени или прозвища Якунча, а тот, в свою очередь, — уменьшительная форма от канонического имени Яков (древнееврейское Иаков — «следующий по пятам»). Однако в русской народной среде имя Яков часто переделывали в Якун, Якуня, Якуша, а Якунча — это уже двойной уменьшительный суффикс: к основе Якун добавили -ча. Такая модель типична для северных и центральных говоров, где суффикс -ча придавал имени ласкательный или фамильярный оттенок (ср. Ванча, Петрунча).

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия стоит в женском роде (Якунчева), но исторически её носительницей могла быть вдова или дочь Якунчи. Мужской вариант — Якунчев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Якунчев, то есть сын или потомок Якунчи. В отличие от более частых фамилий на -ов (Яковлев), форма на -ев здесь возникла из-за мягкого [ч’] в конце основы: после шипящих и мягких согласных в русской ономастике пишется -ев, а не -ов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-западным областям России. В дореволюционных переписях Якунчевы встречаются в Нижегородской, Костромской и Вологодской губерниях. Это косвенно подтверждает, что прозвище Якунча бытовало именно в диалектной среде, где суффикс -ча был продуктивен. В южнорусских и украинских землях аналогичная фамилия звучала бы как Якунченко или Якунчук.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским. Фамилии на -ев из нецерковных уменьшительных имён обычно не встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ский или полные имена. Якунчев — фамилия, которая закрепилась за простыми людьми, и её основа — не ремесло и не место, а личное имя, что типично для раннего слоя русских фамилий XVI–XVII веков.

В современных источниках фамилия редкая. Встречается в единичных записях, и её носители не образуют крупных родовых гнёзд. Это не умаляет её ценности: по такой фамилии можно точно определить, что предок нынешних Якунчевых был человеком по прозвищу Якунча — скорее всего, невысокого роста или младшим в семье, поскольку уменьшительные формы часто давали младшим сыновьям.