Фамилия Якунченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике выполнял роль уменьшительности и указания на родство: он буквально означал «маленький» или «сын». То есть Якунченко — это «сын Якунчи» или «потомок Якунки». Основа здесь — имя или прозвище Якунка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой от крестильного имени Яков (церковная форма — Иаков). В народной речи имя Яков часто сокращали до Якун, Якуня, Якунка, отсюда и пошла ветка фамилий на -енко.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще фиксировали принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко изначально были более «семейными» и менее привязанными к официальной документации. Якунченко — фамилия не древняя, а сформировавшаяся в позднее Средневековье или ранее Новое время, когда на территории современной Украины шёл активный процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён. Географически она тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко был доминирующим.

Интересная деталь: в русских переписях и метрических книгах XVIII–XIX веков фамилию могли записывать и как Якунченков, адаптируя под восточнославянскую модель на -ов. Но исходная украинская форма сохранилась именно в виде Якунченко, что говорит о том, что носители фамилии не утратили связи с местной традицией именования. Если искать однокоренные фамилии, то Якуненко, Якункин, Якушов — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Таким образом, предки современного Якунченко, скорее всего, были простыми людьми — казаками, крестьянами или мещанами, чьё родовое имя закрепилось за потомками по имени деда или отца, которого в быту звали Якунка.