Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу фамилии легла производная форма имени — Якунча (Иаков < Яков < Якунча). Со временем, вероятно, род Якунченко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якунча, со временем получил фамилию Якунченков.