Основой фамилии Якунчев послужило церковное имя Якунча. Имя Якунча является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якунчев образована не от имени, а от прозвища Якунча. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якунча, со временем получил фамилию Якунчев.