Фамилия Якуненков — наглядный пример того, как русская фамилия строится не напрямую от имени, а через цепочку уменьшительных форм. В основе лежит имя Яков (церковное Иаков), которое в народной речи дало множество производных: Якуня, Якуша, Якуха. От формы Якуня с помощью суффикса -енк- (указывающего на «малого» или «сына») образовалось прозвище Якуненок — «сын Якуни», а уже от него — стандартная русская фамилия на -ов: Якуненков. То есть буквально «потомок того, кого звали Якуненок».

Суффикс -енк- в этой фамилии — южнорусский или украинский по происхождению. В центральных и северных областях России чаще использовали суффиксы -к- или -ок- (Якунин, Якушов). Поэтому фамилия Якуненков, скорее всего, закрепилась в семьях, вышедших из южных регионов — Курской, Воронежской губерний или с территории современной Украины. При переходе в великорусскую среду окончание -енко превратилось в -енков, что и дало привычное звучание.

Исходное имя Якуня — не официальное, а домашнее, ласкательное. В XVI–XVII веках такие формы были распространены повсеместно: в документах встречаются крестьяне Якуня Федоров, посадские люди Якуня Иванов. Прозвище Якуненок означало не просто «маленький Яков», а конкретно «сын Якуни» — так в деревнях различали отца и сына, пока фамилии не стали наследственными.

В отличие от фамилий Яковлев или Якушев, где корень более прозрачен, Якуненков требует разъяснения. Это редкий случай, когда фамилия сохранила не только имя, но и его уменьшительную форму с чёткой указанием на родство. Никакой иной основы, кроме имени Яков, у этой фамилии нет — попытки связать её с тюркскими корнями или с прозвищем от слова «якун» (якобы «громкий») не подтверждаются ни историческими записями, ни логикой словообразования.