Основой фамилии Якуненский послужило церковное имя Якуня. Фамилия Яккуненский является фонетическим вариантом фамилии Якунинский, которая представляет собой отчество второго порядка (Якунинский — сын Якунина и внук Якуни) и образована от имени Якуня. Имя Якуня является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якуненский образована не от имени, а от прозвища Якуня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуня, со временем получил фамилию Якуненский.