Основой фамилии Якуняев послужило имя Яков. Имя Яков (Иаков) переводится с древнееврейского как «второй по рождению». В основу же фамилии легла просторечная форма этого имени — Якуня. Яков (Иаков) — имя известного библейского героя, младшего из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуня, со временем получил фамилию Якуняев.