Фамилия Яфуняев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется тюркской или кавказской, но если присмотреться к суффиксу и звучанию, открывается другая картина.

Словообразовательная модель указывает на русскую фамилию, образованную с помощью типичного русского суффикса -ев. Основа «Яфуня» — это, скорее всего, неполная, уменьшительная форма какого-то полного имени. В русской ономастике так часто сокращали имена: Григорий → Гришуня, Иван → Ванюня. Здесь мы видим похожую модель. Какое имя могло дать форму «Яфуня»? Самое правдоподобное — крестильное имя Афанасий. В просторечии оно звучало как Афоня, а в некоторых диалектах — как Яфоня или Яфуня (с заменой начального «а» на «я», что встречается в южнорусских и украинских говорах). Тогда Яфуняев — это «сын Яфуни», то есть потомок человека, которого в быту звали Яфуня вместо Афанасий.

Версия с тюркским корнем (например, от слова «яф» — что-то вроде «ветер» или «успех») менее убедительна. Тюркские фамилии в русском оформлении обычно имеют суффиксы -ов/-ев, но основа «Яфуня» нехарактерна для тюркских языков: окончание «-уня» типично для русских уменьшительных форм, а не для восточных имен. Поэтому версия с Афанасием выглядит самой стройной.

Географически фамилия крайне редкая. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает южнорусское происхождение: именно в тех краях аканье и переход «а» в «я» в начале слова были обычным делом.

Что касается социального контекста: фамилия на -ев в XIX веке чаще всего принадлежала крестьянам или мещанам. Дворянские фамилии редко образовывались от таких бытовых, «домашних» форм. Предки Яфуняевых, скорее всего, были простыми людьми — крестьянами, казаками или ремесленниками, которых в документах записали по отцу: «Иван, Яфунин сын» со временем превратилось в фамилию Яфуняев.

Таким образом, за необычным звучанием скрывается обычное русское крестильное имя Афанасий, адаптированное местным говором.