Фамилия Яфунина — яркий пример того, как редкость и неочевидность корня делают разбор особенно интересным. На первый взгляд, в ней слышится что-то восточное, но на самом деле перед нами, скорее всего, русская фамилия, образованная по стандартной модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Яфунина — «дочь (или жена) Яфуни».

Главная загадка — основа «Яфун». В русском языке такое слово не встречается, поэтому ищем прозвище или имя. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным глаголом «яфать» или «яфнуть», который в некоторых говорах означал «говорить невнятно, бормотать, мямлить» или, наоборот, «кричать, звать». Если так, то Яфуней в старину могли прозвать человека неразборчивого в речи либо, по контрасту, крикливого и бойкого. Прозвища по особенностям речи — один из самых распространённых источников русских фамилий (вспомните Говорова, Молчанова, Шептунова).

Другая, менее вероятная гипотеза — что «Яфун» — это искажённая форма крестильного имени. В святцах нет имени Яфун, но в народной среде редкие имена и их производные часто переделывались до неузнаваемости. Можно предположить, что в основе лежит имя Иоафан (библейское) или Афанасий (через форму «Яфан»), но это лишь догадка без надёжных подтверждений.

Формально фамилия Яфунина — женская. Мужской вариант — Яфунин. Такие фамилии с суффиксом -ин обычно принадлежали крестьянскому и мещанскому сословию, где прозвище отца или деда становилось родовым именем. Географически фамилия встречается редко, но единичные случаи фиксации известны в центральных и северных областях России, где диалектная лексика сохранялась дольше. Иными словами, предки носителей фамилии Яфунина — это, скорее всего, крестьяне из глубинки, получившие прозвище за манеру говорить, а фамилия закрепилась за их потомками.