По одной из них, эта фамилия образована от мужского имени Яков (в переводе с древнееврейского – «последователь»), точнее от его просторечной формы Якуша, Якушка. Имя Яков (Иаков) переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Поэтому Якушенко буквально понималось как «сын Якуши».