Фамилия Якушенок — редкий образец восточнославянской модели, где суффикс -ок выполняет уменьшительную или «детскую» роль. В белорусской и украинской традиции такие фамилии на -ок, -ук, -енок часто означали «сын такого-то» или «младший родственник». Якушенок — буквально «маленький Якуш» или «сын Якуша». Сама основа Якуш — это народная, обиходная форма от канонического имени Иаков (в русском обиходе — Яков). Уменьшительно-ласкательные формы вроде Якуш, Якуня, Якута были распространены повсеместно: имя было одним из самых частых в крестьянской среде.

Суффикс -енок (в белорусском произношении часто -онак) указывает на происхождение из западных регионов — территории современной Беларуси, западных областей России (Смоленщина, Брянщина) или восточной Украины. В польском языке аналогичную роль играл суффикc -ak, но в белорусском закрепился именно -енок. Если бы фамилия образовалась в центральной России, она, скорее всего, выглядела бы как Якушов или Якушин. Форма Якушенок выдаёт миграционный или пограничный след: носители могли жить там, где пересекались русские и белорусские говоры.

Встречается и альтернативная версия: Якуш могло быть не производным от Якова, а самостоятельным прозвищем. В некоторых говорах «якуш» — диалектное название рыбака, который ловит рыбу якушей (особая снасть). Но это объяснение менее вероятно: фамилии от названий орудий труда редки, а уменьшительная модель с -ок для прозвищ нехарактерна. Основная масса носителей фамилии Якушенок — потомки человека, которого в быту звали Якуш, а его дети пошли по отцу как Якушенки.

Фамилия не относится к дворянским — её носителями были крестьяне, ремесленники, казаки. В документах XIX века она фиксируется в Могилёвской, Витебской и Черниговской губерниях. В современной России Якушенок встречается редко, в основном в Брянской и Псковской областях, что подтверждает её западное происхождение.