Фамилия Ялдыгина — женская форма фамилии Ялдыгин, и её разговорный вариант звучит так же, как и мужской. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Ялдыга. Это слово с затемнённой этимологией, но у специалистов по русской ономастике есть несколько версий его происхождения.

Самая обоснованная версия связывает основу с диалектным глаголом «ялдыжить» (или «ялдыкать»), который в ряде говоров (особенно вологодских, пермских, вятских) означал «болтать, пустословить, говорить невнятно». Соответственно, Ялдыгой в народе называли пустомелю, болтуна или человека с неразборчивой речью. Такие прозвища по речевой характеристике были распространены на Руси (ср. Болтунов, Говорун, Балаболкин). Суффикс -ыг(a) в русских прозвищах редок, но встречается: он придаёт слову оттенок фамильярности и бытовой экспрессии (как в словах «бедняга», «растяпа»).

Менее вероятна связь с тюркскими языками, где «ялдыз» означает «звезда», а «ялдык» — «блеск, сияние». Однако в русских фамилиях тюркская основа обычно оформляется иначе (Ялдызев, Ялдыков), и суффикс -ыга для таких заимствований нехарактерен. Поэтому версия о прозвище от глагола речи выглядит предпочтительнее.

Фамилия Ялдыгин (и Ялдыгина) — редкая, сконцентрирована в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает диалектную природу прозвища. Встречается также вариант написания с буквой «о» (Ёлдыгин), что отражает местное произношение. По социальному происхождению носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию — прозвища, данные в быту, редко закреплялись за дворянскими родами.

В XIX — начале XX века фамилия Ялдыгина не фиксируется в родословных книгах дворянства, что подтверждает её «низовое» происхождение. Сегодня она сохраняется как память о метком народном слове, которым когда-то охарактеризовали далёкого предка.