Фамилия Ялтонская произошла от прозвища Ялтонский, которое, в свою очередь, восходит к названию населенного пункта Ялтона, предположительно, некогда находящийся на территории России. Само название населенного пункта Ялтона, предположительно, восходит к древнетюркскому слову «ялтан», что в переводе на русский язык означает «арестант». Вероятно, носитель данного прозвища был выходцем из этого села. По другой версии, фамилия Ялтонская произошла от прозвища Ялтонский, которое восходит к древнетюркскому слову «ялтан» с тем же значением. Скорее всего, носитель данного прозвища провел некоторое время в заключении, за что и получил такое прозвище. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Ялтонский, со временем получил фамилию Ялтонская.