Фамилия Ямщинин — редкий случай, когда прозвище по профессии застыло не в самой частотной словообразовательной форме. Вместо привычного Ямщиков (от «ямщик» + -ов) здесь мы видим суффикс -ин, который обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «ямщинин сын» или «ямщинина жена». То есть фамилия образована не напрямую от названия ремесла, а от прозвища Ямщина, которое могли дать человеку, чья жизнь была тесно связана с ямской гоньбой.

Ямщик на Руси — не просто возница. Это государственный служащий, крестьянин или посадский, который содержал лошадей и выполнял повинность по перевозке почты, грузов и чиновников по трактам. Ямская служба была строго регламентирована, ямщики жили целыми слободами (например, знаменитая Ямская слобода в Москве). Отсюда и прозвище Ямщина — скорее всего, так называли человека, который либо сам долго и добросовестно гонял ямы (станции), либо жил в этой среде, либо отличался грубоватым, «ямским» нравом.

В ономастике фамилии на -ин от прозвищ на -а/-я — архаичная, но устойчивая модель (ср. Дружинин, Пугачёв, Карамзин). Унбегаун в «Русских фамилиях» отмечал, что такие формы особенно характерны для северных и центральных областей России. Ямщинин могла возникнуть не в ямщицкой среде (там чаще брали фамилию по отцу-ямщику с суффиксом -ов), а в крестьянской или мещанской, где прозвище давали по роду занятий соседа.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. В дореволюционных источниках (по данным «Списка населённых мест» и ревизских сказок) носители Ямщинины отмечены в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где ямская гоньба была развита слабее, чем в центре, но прозвища могли сохраняться дольше. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном происхождении: вдали от трактов «ямщина» звучало скорее как бытовое, а не официальное обозначение.

В написании фамилии любопытно ударение. В говорах возможны два варианта: Я́мщинин (от ударения в слове «ямщик») и Ямщи́нин (от слова «ямщина́» — совокупность ямщиков или ямская повинность). В современных справочниках чаще фиксируют ударение на первом слоге, но носители фамилии могут произносить по-разному.