Фамилия Янабердина — редкий случай в русской ономастике, где тюркское имя встретилось с русским суффиксом принадлежности. Основа фамилии — мужское имя Янаберды, которое распространено у башкир, татар и других тюркских народов. Оно составное: «ян» (душа) и «бирде» (дал). Вместе — «душа дал» или «бог даровал душу», то есть имя с пожеланием жизни и здоровья ребёнку. Это типичная модель мусульманских имён с компонентом «бирде» (сравните: Гайниберды, Кулберды, Тукберды).

Фамилию образовали по русской модели: к основе Янаберд- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность к роду. Получается «сын Янаберды» или «из семьи Янаберды». Форма Янабердина — женский вариант, мужской — Янабердин. В русском языке такие фамилии склоняются как обычные прилагательные, но в тюркской среде их могли долго не склонять, считая застывшей формой.

Географически фамилия привязана к регионам с тюркским населением: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, Челябинская область. Встречается и у русских, если в роду были смешанные браки или предки приняли православие, сохранив родовое имя. В дореволюционных записях фамилию могли писать по-разному: Янабердин, Янабирдин, Енабердин — из-за особенностей произношения и неграмотности писарей.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии в XIX веке чаще всего были крестьянами или тептярями (сословие, близкое к государственным крестьянам, но с сохранением национальной идентичности). Дворянских корней у фамилии нет — она бытовая, народная, возникла в среде, где имя давали не по святцам, а по обычаю. Сейчас Янабердина — фамилия редкая, даже в Башкортостане её носителей немного, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если она есть в вашем роду, вы почти наверняка найдёте общих предков среди башкир или татар XVIII–XIX веков.