Фамилия Янабирдин — редкий случай, когда географический указатель «врос» прямо в фамилию. Её основа — тюркское имя или прозвище Ян-Абирде (Ян-Абирди), где первая часть «ян» означает «душа» (как в именах Янбай, Янмурза), а вторая — «абирде» — восходит к глаголу «бир» (давать). Таким образом, исходное имя можно перевести как «душа дана» или «дарованный душой», что характерно для тюркских имён-пожеланий, которые давали ребёнку, чтобы подчеркнуть его ценность для рода.

Особенность фамилии — суффикс -ин, а не привычный -ов. В русской модели фамилий суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я (Петров — от Пётр, но Иванов — от Иван, хотя тут исключение). У Янабирдина основа оканчивается на -и, но суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Янабирдин, то есть «сын Янабирды». В тюркских языках подобные имена часто оформлялись без патронимического суффикса, а при русификации получали -ин, как фамилии Баймурзин, Ишмурзин, что говорит о позднем, документальном закреплении фамилии в русской административной среде.

Фамилия почти наверняка бытовала в среде башкир или татар, где распространены сложные имена с компонентом «ян». Географически Янабирдины встречаются в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, реже — в Татарстане. В дореволюционных записях фамилия могла писаться через дефис (Ян-Абирдин) или слитно, а в советский период закрепился единый вариант.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к тептярям (сословие, близкое к башкирам, но платившее особый налог). Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет — это указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Встречаются и более поздние варианты написания — Янабердин, где гласная «и» заменяется на «е» под влиянием произношения.