Фамилия Янчугова — женская форма фамилии Янчугов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Модель типична для русских фамилий: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Янчугов, то есть сын или потомок Янчуга).

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским именем Янчура (Янчура). В татарском, башкирском и других тюркских языках «ян» означает «душа» или «сторона», а «чура» — «раб», «слуга» или «друг». Имя Янчура (Янчуга) могло означать «верный слуга» или «душевный друг». В русской среде такие имена нередко адаптировались: конечное -а в разговорной речи могло перейти в -уг (Янчуга), откуда и пошла фамилия. Это особенно правдоподобно для регионов Поволжья и Урала, где русские и тюркские народы веками жили бок о бок, и фамилии на -ов от тюркских прозвищ — обычное дело.

Менее распространённая, но не исключённая версия — от диалектного слова «янчуга» или «янчуг». В некоторых русских говорах так могли называть человека с хриплым голосом, крикуна или того, кто «янчит» — ноет, капризничает. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, слово плохо зафиксировано в словарях, во-вторых, фамилия явно географически привязана к зонам тюркско-славянского контакта.

Фамилия Янчугов (и Янчугова) встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Зауралье. В дореволюционных справочниках носители этой фамилии фигурируют как крестьяне и мещане — сословный состав обычный для фамилий, возникших из прозвищ, а не из имён святых или боярских родов. Словообразовательный суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что основа оканчивалась на согласный (Янчуг), а не на -а (Янчуга), хотя в быту формы могли смешиваться.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Янчуков, Янчуркин, Янчурин, — то Янчугова оказывается в ряду тех, где тюркская основа «ян» сочетается с разными вторыми элементами. Это не редкость: в русских фамилиях много следов тюркских имён, и Янчугова — один из таких живых примеров многовекового соседства культур.