Фамилия Яндатунова — редкий пример, в котором тюркская основа встретилась с русским суффиксом принадлежности. Её ядро — мужское имя Яндатун. В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, «ян» означает «душа», а «датун» — либо искажённое «дауыт» (Давид), либо самостоятельное слово со значением «друг», «товарищ». Таким образом, имя-основа могло значить «душа-друг» или «душевный товарищ».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от полных мужских имён (Иван — Иванов), а на -ин — от имён на -а/-я (Никита — Никитин). Яндатун — имя, оканчивающееся на согласный, поэтому по правилам должна была появиться фамилия Яндатунов. Однако мы видим Яндатунова — с суффиксом -ов, но с женским окончанием в основе. Это объясняется просто: перед нами форма женского рода, которая закрепилась в документах как фамилия. Вероятно, первоначально носительницей была женщина, а её потомки (дети или внуки) унаследовали фамилию в неизменном виде — так иногда случалось при записи через женскую линию или при ошибке писаря.

Географически фамилия привязана к регионам, где смешивались тюркское и русское население: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье. Встречается она редко, что указывает на локальное происхождение — от одного конкретного рода или семьи. Предки носителя фамилии, скорее всего, были тюркоязычными крестьянами или казаками, принявшими православие, но сохранившими дохристианское имя в качестве родового прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями, например Яндашев или Яндурин, показывает, что основа «ян-» в них встречается часто, но вторая часть у каждой своя. Уникальность Яндатуновой в том, что она сохранила почти забытое составное имя, не перешедшее в современный именослов.