Фамилия Янекин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от имени или прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Янекин, то есть сын или потомок Янеки.

Основа здесь — Янека. Это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма крестильного имени Иоанн (в русском быту — Иван). Суффикс -ек- (-к-) в русских именах давал множество производных: Ваня — Ванечка, Янечка, Яня, Янека. Имя Иоанн, пришедшее из древнееврейского через греческий, означает «милость Божья» или «Бог помиловал». В русской ономастике форма Янека встречается реже, чем привычные Ваня, Ивашка или Иванко, но она фиксируется в северных и центральных говорах, где «яканье» (произношение «я» вместо «е» или «и») было нормой. В некоторых диалектах Яней или Янека могли называть человека, который якает, то есть говорит на местный манер, но это менее вероятно: прозвища по говору обычно давали пришлым, а не своим.

Фамилия редкая. В дореволюционных списках она встречается преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, а также среди старообрядцев Заволжья. Это не случайно: в тех краях сохранялись архаичные формы имён, которые в центральной России уже вытеснили более «литературные» варианты. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на гласный или мягкий согласный (Янека — Янекин). По такой же схеме сложились фамилии Ванечкин, Яшкин, Федькин.

Споров вокруг происхождения немного. Единственная альтернативная версия — от финно-угорского корня (в коми-пермяцком языке «ян» — «нога» или «стойбище»), но она не выдерживает критики: суффикс -ин в таком случае дал бы фамилию Янин, а не Янекин, и географическое распространение не совпадает с ареалом коми-населения. Правдоподобнее всего — обычное русское отчество от уменьшительного имени, которое просто не стало массовым.

В сословном отношении носители фамилии — почти всегда крестьяне или мещане. Дворянских родов Янекиных нет, что типично для фамилий на -ин от неканонических форм имени: их не жаловали за службу, а носили по отцу в деревне.