Фамилия Янекс — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, и приходится выбирать между несколькими версиями. Самое простое объяснение: это латышская или литовская фамилия, образованная от личного имени Янис (латышский аналог Ивана, Иоанна) с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -екс. В латышском языке суффикс -екс (-eks) характерен для фамилий, указывающих на молодость или малость носителя: примерно как «Янёнок» или «Яничек» по-русски. В таком случае Янекс — «маленький Ян» или «сын Яна».

Вторая версия — польская или белорусская. Если фамилия происходит из этих земель, её могли записать от имени Ян (польский аналог Иоанна) с тем же суффиксом -екс, который встречается в фамилиях вроде Янек, Янец. Финальное -с в русской передаче могло появиться из-за особенностей местного произношения или письменной фиксации.

Третий, менее очевидный вариант — топонимический. В Латвии и Литве есть несколько хуторов и местечек с названием Янекс или близким к нему. Фамилию мог получить человек, переехавший из такого места.

Морфологически фамилия стоит вне привычной русской модели на -ов/-ин. Суффикс -екс не склоняется по русским правилам, что выдаёт её иноязычное происхождение. Встречается она преимущественно в Латвии и среди потомков латышских переселенцев в России, но точной статистики по ней нет — это штучная, а не массовая фамилия.

Поскольку ни одна из версий не подкреплена документальными источниками, наиболее правдоподобной остаётся первая: патроним на латышской почве от имени Янис. Это объясняет и суффикс, и географию, и сам корень.