Фамилия Янфагнасов — редкий случай в русском ономастиконе, где иностранная основа встретилась с типично русским суффиксом. Если отбросить окончание -ов, мы получаем основу Янфагнас. Сразу бросается в глаза, что это не славянское имя и не прозвище из бытовой лексики. Скорее всего, перед нами вариант записи арабского имени, которое через татарскую или башкирскую традицию попало в русскую среду.

Разберем возможное происхождение. Корень «Ян» в тюркских и арабских именах часто означает «душа» или «дорогой» (сравните с именами Янбирде, Янгуразов). Вторая часть — «фагнас» — может быть искажением арабского «фагн» (ветвь, колено, род) или «фагфур» (фарфоровый, драгоценный). Встречается имя Фагнас (Фагнус) у башкир и татар, где оно означает «благородный, знатный». Соединившись, Янфагнас могло означать «благородная душа» или «дорогой отпрыск». Суффикс -ов указывает на то, что фамилия образована по русской модели: «чей?» — Янфагнасов, то есть потомок человека по имени Янфагнас.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья, где веками жили татары, башкиры и русские. В метрических книгах XIX века такие фамилии встречаются у крещеных татар или у русских, чьи предки приняли православие, но сохранили родовое имя. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Янфагнасов — типичная фамилия крестьянского или мещанского сословия, где имя предка просто «привязали» к роду через отчество.

В написании фамилии возможны варианты: Янфагнасов и Янфагнасов (с ударением, скорее всего, на втором слоге — Янфа́гнасов). Встречается также форма Янфагнасьев, если основа склонялась по мягкому типу. В современных базах данных фамилия крайне редка — ее носителей можно пересчитать по пальцам, что только подтверждает ее уникальность и локальный характер.