Фамилия Янкелайць — редкий пример, где литовская огласовка столкнулась со славянским именем. Её основа — имя Янкель, народная форма древнееврейского имени Иаков (Янкель — через польское посредничество, где Jan означает «Ян», а уменьшительный суффиль -kel дал Янкель). В восточноевропейском еврейском быту Янкель было распространённым именем, которое в документах часто переделывали в Яков или Якуб.

Но суффикс -айць (лит. -aitis) указывает на литовскую патронимическую модель: он означает «сын такого-то». В литовской ономастике фамилии на -aitis традиционно давали неженатым сыновьям, а после закрепления фамилий в XIX веке они стали наследственными. Таким образом, Янкелайць буквально — «сын Янкеля», то есть потомок человека по имени Янкель.

Географически фамилия почти наверняка происходит из Литвы или из исторической Виленщины (северо-запад Беларуси, юго-восток Литвы), где веками жили литваки — евреи, говорившие на литовском диалекте идиша и нередко получавшие литовские фамилии при паспортизации в XIX веке. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые давались по отцу (Янкелев), литовский вариант Янкелайць сохранил местный грамматический строй.

Написание с мягким знаком на конце (Янкелайць) — это адаптация литовского Janelaitis или Jankelaitis к кириллице. В литовском оригинале фамилия звучала бы как Jankelaitis (с ударением на первый слог). Встречается также вариант Янкелайтис, но Янкелайць — более русифицированная форма, где окончание -ис отброшено.

Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были еврейскими мещанами или ремесленниками в литовских местечках — местечках (штетлах). Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом русском понимании: она возникла в среде, где литовский язык соседствовал с идишем, а административный учёт вёл царская администрация. Это редкий случай, когда имя из еврейской традиции получило чисто литовское патронимическое оформление.