Фамилия Янкот — редкий случай, когда невооружённым глазом видна иностранная основа, но механизм её встраивания в русскую фамильную систему неочевиден. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, здесь нет ни привычного патронимического суффикса, ни типичного славянского корня. Это сразу наводит на мысль о западном или балтийском происхождении.

Скорее всего, в основе фамилии лежит уменьшительная или производная форма от имени Ян — западнославянского и прибалтийского аналога русского Иван. В польском, чешском, словацком, а также в литовском и латышском языках Ян — самостоятельное полное имя. Суффикс -кот встречается редко, но его можно сопоставить с польскими фамилиями на -kot (например, Янкот, Войткот, Павлкот), где -kot — это особая форма патронимического суффикса, родственного уменьшительному -ек/-ко. То есть Янкот буквально означает «маленький Ян» или «сын Яна». Такая модель характерна для Малой Польши и Силезии, откуда носители могли мигрировать на восток.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с литовским словом kóti — «рубить, сечь», или с латышским kāts — «стебель, черенок». Тогда Янкот могло быть прозвищем человека, связанного с рубкой леса или обработкой дерева. Однако беглая проверка по литовским и латышским фамильным словарям показывает, что форма Янкот там не фиксируется, тогда как польские Янкоты встречаются в исторических записях XIX века в Подляшье и Гродненской губернии.

В России фамилия Янкот остаётся крайне редкой. Встречается в основном у потомков переселенцев из западных губерний, а также у обрусевших поляков и белорусов. Географически очаги расселения — Калининградская область, Санкт-Петербург, а также юг Сибири, куда ссылали участников польских восстаний. Фамилия не меняла форму при русификации, потому что звучит по-русски естественно: ударение падает на последний слог, окончание -от не режет слух.

Таким образом, носитель фамилии Янкот с высокой долей вероятности происходит из западнославянской среды, а его предок был либо «Яном-малышом», либо сыном человека по имени Ян. Спор о точном суффиксе можно оставить лингвистам, но для генеалогического поиска это хорошая зацепка: ищите корни в Польше, Беларуси или Литве, а не в центральной России.